L'A41 constitue le "sillon alpin". Comportant un tronc commun avec l'A43, elle joue plusieurs rôles:
- Itinéraire Vallée de l'Arve/Genève -> Chambéry -> Grenoble/Valence-Marseille (via A43 et A48);
- Itinéraire Lyon-Annecy-Vallée de l'Arve;
- Itinéraire Grenoble - Savoie/Italie (par A43 et A430).

Elle est constituée de deux tronçons nord et sud, reliés entre eux par l'A43 et la N201 à Chambéry.

La section nord comporte un profil difficile dû au relief. La section sud est établie en fond de vallée.

L'A41 est intégralement à 2x2 voies et à péage.

Peu de temps après avoir quitté l'A40, l'A41 s'attaque à la montée vers le col d'Evires (803m). Elle redescend ensuite la vallée de la Fillière, en direction d'Annecy, avec à gauche le massif des Glières, haut lieu de la résistance. A Groisy, elle bascule dans la vallée des Usses, avec le pont de la Caille visible en face. Elle rebascule dans un autre vallon après avoir passé le péage de Cruseilles, puis attaque la descente vers Annecy.
La ville est contournée par l'ouest. Le lac n'est pas visible. Le Fier est franchi par un viaduc. L'A41 se déroule maintenant aux pieds du mont Semnoz (à gauche), dans les ondulations de l'Albanais. Une succession de trois viaducs permettent de franchir les profonds vallons des Eparris, du Chéran et de la Touvière. Après St-Felix, le relief se fait plus doux. A gauche, c'est le massif des Bauges, avec notamment le Mont-Revard, au-dessus d'Aix-les-Bains (1537m).
L'A41 prend de la hauteur pour éviter Aix-les-Bains. La ville et le lac du Bourget sont visibles en contre-bas. Une descente nous fait gagner la combe de Savoie, Chambéry est en vue. L'échangeur avec l'A43 nous donne le choix entre les directions de Lyon/Valence ou Chambéry/Turin/Grenoble. C'est la fin de la section nord.

La section sud débute à Montmélian, en prolongement de l'A43 qui bifurque vers l'est. L'A41 est tracée dans la vallée du Grésivaudan, entre les massifs de Belledone (à gauche) et de la Chartreuse (à droite), constamment en rive droite de l'Isère. L'autoroute se termine par un carrefour peu avant Grenoble, où nous rejoignons la N90 (la Carronnerie, à Meylan).

Les mises en service ont été très échelonnées dans le temps:
1975: Annecy sud - Rumilly;
1976: pontcharra - Grenoble;
1977: Rumilly - Chambéry;
1978: Annecy sud - Annecy nord, Chambéry - Pontcharra;
1979: Annecy nord - Cruseilles;
1981: Cruseilles - A40.

Il était prévu de construire un contournement est de Chambéry. L'amorce était prévue peu après Aix-les-Bains sud. Le projet a été abandonné. En 1996, ce qui devait constituer le futur échangeur A43/A41 a été shunté par un tracé neuf d'un kilomètre.

La section Chambéry-Montmélian appartenait à l'origine à l'A41. Lorsque l'A43 a été construite en direction d'Albertville, ce tronçon a été renuméroté A43, en 1989. En 1991, avec la mise en service de l'échangeur 20, le péage de Chambéry sud est supprimé et remplacé par celui de Chignin.

Un nouveau tronçon devra être construit entre St-Julien-en-Genevois et Cruseilles pour délester la N201. Cet itinéraire est en effet le plus direct pour aller à Genève et Lausanne. Le tronçon Cruseilles-A40 (Scientrier) prendrait alors un autre numéro, à 3 chiffres.

Projet d'échangeur entre Annecy et Rumilly, à hauteur de Chapeiry.